Свой отважный морской характер Малышев пронес через всю войну. Иван Яковлевич был командиром отделения штурмовой роты, участвовал в форсировании Днепра, в сражениях под Ржевом и на Смоленском направлении. Более жестоких боёв не видели за всю войну. Стены огня, земля взрыта осколками, гром разрывов… В этих боях погиб друг Володя – его накрыл снаряд прямо на глазах Ивана Яковлевича.
Поднимал на подвиг бойцов командир 184-й дивизии генерал-лейтенант Зыкин. Его убили в 1943 году. Много лет спустя Малышев, будучи в гостях у сестры в Полтаве, увидел, что Зыкину поставили памятник. Иван Яковлевич тогда долго простоял перед ним на коленях и плакал.
В штурме под Смоленском Иван Яковлевич был серьезно ранен в голову. В 1944 году был комиссован из госпиталя с инвалидностью
На Новокуйбышевском НПЗ работал с 1960 по 1970 годы мастером насосного и турбинного оборудования в цехе №16. Потом переехал в Воронежскую область, но связь с Советом ветеранов завода не терял, и всегда любил родной завод, интересовался новостями предприятия и жизнью заводчан, присылал письма в заводскую редакцию. Переписывался с коллегами – фронтовиками. В свою очередь, и родное предприятие всегда будет помнить военные и трудовые подвиги заводских героев.